มหาวิทยาลัยได้อัญเชิญพระนามาภิไธยของสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนีมาประดับไว้ในตราสัญลักษณ์เพื่อความเป็นสิริมงคลและเป็นเครื่องหมายแห่งความจงรักภักดีของประชาชน บุคลากร และนักศึกษา

อักษรพระนามาภิไธยย่อ ของสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี บนพื้นสีทอง อักษรย่อ ส สีแดง และ ว สีขาว ประดิษฐานภายใต้ ฉัตร 7 ชั้น สีทองมาประกอบเป็นยอด หมายถึงพระมหากษัตริย์สองพระองค์ คือรัชกาลที่ 8 และรัชกาลที่ 9 แห่งราชวงศ์จักรี จึงได้บรรจุเลข ๘ และเลข ๙ ไว้ในตราสัญลักษณ์ เพื่อให้สมพระเกียรติ

ดอกไม้ (ดอกลำดวน) กลีบขาว ประดับด้วยใบไม้สีขาว สลับสีทอง หมายถึง ความมุ่งมั่นของมหาวิทยาลัยที่จะพัฒนา

และส่งเสริมสิ่งแวดล้อมและพัฒนาคุณภาพชีวิตของปวงชนอย่างต่อเนื่อง

สีประจำมหาวิทยาลัย คือ สีแดงและสีทอง

• สีแดง แสดงถึง องค์สมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี
• สีทอง แสดงถึง ความเจริญรุ่งเรืองของมหาวิทยาลัยอย่างไม่มีขอบเขต

ที่มา : หนังสือที่ระลึก มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง สืบสานพระราชปณิธาน สมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนีและการดำเนินงานในรอบ 5 ปี พ.ศ.2541-2546 น.140 – 141