พิธีการประจำ
พิธีทานหาแม่ฟ้าหลวง
มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จัดพิธีทานหาแม่ฟ้าหลวงเป็นประจำทุกปี ในวันที่ 18 กรกฎาคม ของทุกปี เพื่อแสดงถึงความจงรักภักดี ความกตัญญูกตเวทิตา และสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณของสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี
พิธีพระราชทานปริญญาบัตร
พิธีพระราชทานปริญญาบัตรครั้งแรกของมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จัดขึ้นที่หอประชุมสมเด็จย่า มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ในวันอังคารที่ 3 กุมภาพันธ์ พุทธศักราช 2547
พิธีดำหัวอธิการบดี
การดำหัว ในความหมายทั่วไปของชาวล้านนาหมายถึง “สระผม” แต่ในพิธีกรรม โดยเฉพาะในเทศกาลสงกรานต์ของทุกๆ ปี หมายถึง การชำระสะสางสิ่งอันเป็นอัปมงคลในชีวิตให้หมดไป ด้วยการใช้น้ำส้มป่อยเป็นเครื่องชำระ
พิธีทำบุญอุทิศส่วนกุศลแด่อาจารย์ใหญ่
พิธีทำบุญอุทิศส่วนกุศลแด่อาจารย์ใหญ่ผู้บริจาคร่างกายเพื่อการศึกษาคือเพื่อให้นักศึกษาและบุคลากรได้ระลึกถึงเจตนารมณ์อันดีงาม และความเสียสละของอาจารย์ใหญ่ และได้แสดงออกถึงความเคารพ และไว้อาลัยแด่อาจารย์ใหญ่ก่อนจะส่งร่างของท่านไปประกอบพิธีพระราชทานเพลิงศพ
พิธีถวายผ้ากฐิน
การทอดกฐินเป็นประเพณีที่อยู่คู่กับพุทธศาสนิกชนไทยมาช้านาน ตั้งแต่สมัยสุโขทัย การถวายผ้าพระกฐินของพระมหากษัตริย์นั้นจัดเป็นพระราชพิธีที่สําคัญ เรียกว่า กฐินหลวง ส่วนพระกฐินพระราชทาน เป็นผ้าพระกฐินที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานให้ส่วนราชการ รัฐวิสาหกิจ องค์การ สมาคม มูลนิธิห้างร้าน และประชาชนทั่วไป นําไปถวายแด่พระภิกษุสงฆ์จําพรรษา ณ พระอารามหลวงทั่วราชอาณาจักร ปีละ 1 ครั้ง มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงเป็นหน่วยงานหนึ่งที่ได้สืบทอดประเพณีอันสําคัญยิ่ง โดยเริ่มตั้งแต่ปี พ.ศ.2543 – ปัจจุบัน
วันสถาปนามหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง
มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงได้รับการสถาปนาเป็นมหาวิทยาลัย ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง พ.ศ.2541 ในวันที่ 25 กันยายน 2541 จึงถือวันที่ 25 กันยายนของทุกปีเป็นวันสถาปนามหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง
พิธีไหว้ครูและรับเป็นศิษย์
พิธีไหว้ครูและรับเป็นศิษย์ เป็นพิธีการที่ศิษย์ขอฝากตัวให้ครู-อาจารย์สั่งสอนอบรม แสดงความคารวะยอมรับนับถือครูบาอาจารย์อย่างจริงใจว่า ท่านเพียบพร้อมด้วยคุณธรรมความรู้ ศิษย์ในฐานะผู้สืบทอดมรดกทางวิชาการ จึงพร้อมใจกันปวารณาตนรับการถ่ายทอดวิชาความรู้ด้วยความวิริยะอุตสาหะมานะอดทน เพื่อให้บรรลุวัตถุประสงค์จุดหมายปลายทางของการศึกษาตามที่ตั้งใจไว้